Die alte Kirche
Ausgrabungen im März 1950 haben interessante Tatsachen über den Vorläuferbau der heutigen Kirche zutage gefördert.
Vorgefundene Mauerreste erwiesen sich als
südliche Nebenapsis, die auf der Nordseite ein entsprechendes Gegenstück gehabt
haben muss. Damit war die Existenz einer Dreiapsiden-Kirche nachgewiesen. Auch
die drei halbkreisförmigen und nebeneinanderliegenden Chöre auf der Ostseite,
von denen der mittlere der grösste war, bestätigten diesen Befund. In Quellen
des 18. Jahrhunderts wurden zudem die beiden «Neben-Capellen» explizit erwähnt.
Die drei Rundnischen bargen Altäre, wobei der zentrale Hauptalter dem
Titelheiligen Johannes dem Täufer, der nordseitige (linke) wohl der Heiligen
Gisela und der südseitige (rechte) dem Heiligen Ulrich geweiht gewesen sein
dürfte.

Rekonstruktion der um 1040 entstandenen dreischiffigen Basilika in Veltheim (Modell im Archiv der Kirchgemeinde)
Die dreischiffige Basilika mit ihrem Dreiapsiden-Chorschluss dürfte im Verlauf des 11. Jahrhunderts errichtet worden sein. Vorgängerbauten sind bisher archäologisch nicht nachgewiesen. Begründete Annahmen für das Alter des frühesten Vorläuferbaus reichen jedoch zurück bis in die Mitte des 8. Jahrhunderts.
Die Basilika verfügte nicht von Beginn weg über
einen Turm. Dieser dürfte im 12. oder 13. Jahrhundert westseitig angebaut
worden sein.

Grundriss der Kirche Veltheim mit dem rekonstruierten Grundriss der dreischiffigen Basilika. [1] Turm [2] Schiff [3] Chor [4] nordseitige Apside [5] südseitige Apside
Die im Dorfkern um die Pfarrkirche herum angeordneten «Pfaffenhäuser» verweisen darauf, dass mehrere Geistliche zur Betreuung der mindestens drei Altäre in der alten romanischen Basilika in Veltheim wohnhaft waren. Eine königlich-kaiserliche Pfalz, wie dies früher vermutet wurde, ist trotz der heute noch vorhandenen Örtlichkeitsnamen «Pfalz» bzw. «Pfalzgasse» wohl ebenso wenig zu vermuten wie ein «Städtchen Veltheim».
Nach der Reformation (1528) verlor die
Veltheimer Kirche ihre Bedeutung und wurde fortan als einfache Landkirche
weitergenutzt. Der dreischiffige Kirchenbau war für die damals seelsorgerisch
zu betreuende Gemeinde mit etwa 180 Einwohnern (ca. 35 Feuerstätten) viel zu
gross. Die Kirchgenossen und der Inhaber des Kirchensatzes unterliessen es, für
einen angemessenen Unterhalt der Kirche zu sorgen. Gegen 1700 häuften sich
Nachrichten über die Baufälligkeit des romanischen Gotteshauses. 1759 richtete
die Kirchgemeinde eine Bittschrift an die gnädigen Herren in Bern mit dem
Inhalt, der Gottesdienst könne nur noch unter Lebensgefahr besucht werden.
Gutachter stellten fest, dass Dachstuhl und Decke durch Regenwasser verursachte
Holzfäule aufweise. Es drohe der Einsturz. Auch sämtliche Fenster seien völlig
zerrissen und nicht mehr reparierbar. Im Winter sei die Kirche wegen
Feuchtigkeit und Kälte nicht benutzbar. Diesem Zustand könne nur mit einem
Neubau begegnet werden. Die Gemeinde war bereit, das übergrosse Gotteshaus
durch den Abbruch der beiden Seitenschiffe unter Beibehaltung des mittleren
Teils zu verkleinern. Bern als Landesherrin signalisierte Zustimmung. Damit war
das Schicksal der «uralten Kirche Veltheim» besiegelt.
Die neue Kirche
Nach erfolgtem Beschluss, die alte und baufällige romanische Basilika in Veltheim abzureissen, wurden «erfahrene und bauverständige Meister» beauftragt, einen Kostenvoranschlag und Baupläne vorzulegen.
Niklaus Sprüngli (1725–1802), ein weitgereister und bestens qualifizierter Architekt, könnte am Neubau des Veltheimer Gotteshauses beteiligt gewesen sein. Immerhin weiss man, dass «Herr Architecte Sprüngli» 1758 und 1759 im Vorfeld des Kirchenbaus mehrfach im Auftrag Berns im Aargau weilte.
Bern übernahm von den insgesamt 1’566 Gulden Baukosten insgesamt 600 Gulden und lieferte zudem 30 Stück Bauholz. Im Verlauf des Jahres 1760 wurde nach dem Abbruch der romanischen Basilika der Neubau auf dem Grundriss des ehemaligen Mittelschiffs – leicht verbreitert – errichtet. Der massive Turm des 12./13. Jahrhunderts blieb stehen, wies jedoch eine deutlich Abweichung zur Längsachse des Schiffes auf. Der alte romanische Mittelchor bildete seinerseits die Basis des neuen Chors.
Seit dem Neubau im Jahr 1760 sind keine wesentlichen Änderungen am Baukörper vorgenommen worden. Renovationen bedurfte es aber einiger. So musste 1790 das Chordach neu erstellt werden. 1891/92 wurde eine Aussenrenovation vorgenommen, 1907 dann im Innern Boden und Bestuhlung erneuert. Damals verschwand auch der 1760 nordseitig im Chor eingebaute Wildensteiner Herrenstuhl («Effinger Stuhl»). Gleichzeitig fanden die Grabplatten an den Chorwänden und in der Eingangshalle neue Standorte. Zudem erhielt die Kirche zehn von Georg Röttinger (1862–1913) neu geschaffene Fenster. Im Sommer 1934 erfolgte eine Renovation des Turmes, 1996–1997 des Aussen- und Innenraumes der Kirche.Im Sommer 1934 erfolgte eine Renovation des Turmes, 1996–1997 des Aussen- und Innenraumes der Kirche.